Detto Quintus nei documenti anteriori al 1400, fu abitato nei tempi preromani e romani.
L’origine del nome va collegata ad quintum lapidem cioè alla quinta pietra miliare [il miglio romano corrisponde a Km. 1,474] da Este, in epoca romana.
L’attuale chiesa di Cinto è forse il resto di un castello appartenuto fin dagli inizi dell’XI secolo ai vescovi di Verona, perché ai canonici di Verona, Cinto era stato donato da un certo Lando, donazione confermata da Ottone II; un altro fortilizio, posto sul monte Cinto, fu distrutto da Ezzelino nel 1242; ricostruito, fu distrutto dai Carraresi nel 1313.
Al tempo della Repubblica di Venezia, Cinto era compreso nella vicaria di Arquà.

Il comune comprende, oltre Cinto, le località di Fontanafredda - la medievale Aquafrigida, che prende il nome da una fresca fonte, sfruttata fin dal XVII secolo -, Faedo, Valnogaredo e Cornoleda, il cui nome è legato ai faggi, noci, cornioli frequenti un tempo nel territorio; altra piccola località è Cortelà.

A Faedo visse per parecchi anni il valente storico estense Isidoro Alessi (1713-1799).
A Valnogaredo sorge la Villa Contarini, dove il patrizio Domenico Contarini ricevette nel 1659 i messi inviati dal senato veneto a comunicargli l’avvenuta elezione a doge.

Il Comune si estende su una superficie di 1.970 ettari, dei quali solo il 27% giace nella pianura pedecollinare che trovasi sulla destra del canale Bisatto.